SSDT（SQL Server Data Tools）の7月の更新を当てて 12.0.330919.1 から 12.0.40706.0 にしたら、データベースプロジェクト（*.sqlproj）でT-SQLのシンタックスハイライトが利かなくなりました。Visual Studio Ultimate 2013 Update 3 とVisual Studio Express 2013 for Web Update 3で確認。
フォーラムで該当する事象を見つけて、ここにある回避策でとりあえずシンタックスハイライトは復活しました。
SSDT July Update: Lost Syntax Highlting in VS 2013 for sqlproj.
一応Connectにも報告しておいたので、再現して困った方はvoteしておくと早く治るかもしれません。
SSDT disable Syntax Highlighting in VS 2013 (Update3) after updating | Microsoft Connect
追記・Express for Webの場合はレジストリのキーが違った
Visual Studio Express 2013 for Webの場合、削除対象のレジストリが異なりました。下記のキーを削除する必要があるようです。
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\VWDExpress\12.0\FontAndColors\Cache
