Team Foundation Server（TFS）はAPIを提供しているため、.NETのコードからTFSの様々な機能を利用する事が出来ます。『Microsoft.TeamFoundation.〜』な感じの名前空間で提供されています。
Microsoft.TeamFoundation〜のMSDNのドキュメントはこちら： Team Foundation の拡張(Visual Studio 2012)*1
我々がVSの等で触るTFSの各種機能はこのAPIを使って実装されてるんじゃないかと思うので（勝手な想像）、だいたいのTFSの機能にこれらのAPIを通じてもアクセスできる気がしています。例えば私も以前こんな感じなことをやってたりしました。→ C#のコードからTFSでチェックアウト中のファイルの一覧を取得する - 三日坊主と呼ばせない！日記
しかしながら、このあたりのAPIの利用サンプルは日本語ではあまりなさそうです（ちょっとググって見つかるのはid:kaorun55さんのTFS Advent Calendarの2日目・TFSの作業項目(チケット)をAPIで登録する #tfsug - かおるんTFSダイアリーくらい）。
私がよく参考させてもらっているのは、（多分）イスラエルのMVP*2のShai RaitenさんのblogのTFS APIのシリーズ。Part 49くらいまで、簡単なTFSの自家製クライアントをサンプルにしつつ色んな機能を取り上げて解説されているので参考になります。
- TFS API Index Parts 1 To 37
- TFS API Part 38 – Create Label
- TFS API Part 39 – Show Deleted Items in Source Control
- TFS API Part 40–Build Service Host
- TFS API Part 41–Manage Groups and Members
- TFS API Part 42 – Getting Started With Lab Management API
- TFS API Part 43–Delete Work Item Tool
- TFS API Part 44 (VS11) – Teams and Team Members
- TFS API Part 45 (VS11) – Modify Teams and Team Members
- TFS API Part 46 (VS11) – Team Settings
- TFS API Part 47 (VS11) – Manage Iterations Dates
- TFS API Part 48 – WorkItemControl And Bypass Work Item Rules
- TFS API Part 49 – Delete Team Project
